Seit 1994 ist Michael Schönheit künstlerischer Leiter der Merseburger Orgeltage, seit 1996 auch Domorganist in Merseburg. Er betreute dort die umfangreiche Restaurierung der 1853-1855 von Friedrich Ladegast erbauten Domorgel. Bei zahlreichen internationalen Wettbewerben ist er als Jurymitglied tätig. Darüber hinaus ist er ein gefragter Gastorganist. Seine Konzerttätigkeit erstreckt sich über die europäischen Länder hinaus bis in die USA und nach Japan. Als Solist trat er neben dem Gewandhausorchester auch bei der Sächsischen Staatskapelle Dresden, den Münchner Philharmonikern, dem New York Philharmonic Orchestra und anderen renommierten Orchestern auf. Von 1998 bis 2005 leitete er den Carl-Philipp-Emanuel-Bach-Chor Hamburg, mit dem er zahlreiche Werke der Oratorienliteratur des 18. und 19. Jahrhunderts zur Aufführung brachte.
Seit vielen Jahren widmet sich Michael Schönheit dem historischen Hammerklavier. Er spielt seit 2006 einen Hammerflügel der Firma John Broadwood aus dem Jahr 1805.
Rundfunk-, Fernseh- und zahlreiche CD-Produktionen ergänzen sein vielseitiges künstlerisches Wirken. Im Jahr 2005 erschienen bei MDG zwei vielbeachtete CDs mit Werken von Franz Liszt, eingespielt an der Merseburger Orgel, 2006 folgte eine CD mit den Uraufführungen der großen Orgelwerke von Franz Liszt, Julius Reubke und Max Reger im Merseburger Dom. 2007 erschien beim Verlag Kamprad eine Einspielung mit Werken Leipziger Komponisten auf der Schuke-Orgel im Großen Saal des Gewandhauses.
Zu Beginn des Jahres 2010 wurde die Einspielung der Sechs Brandenburgischen Konzerte von Johann Sebastian Bach (Decca) mit dem Gewandhausorchester unter Riccardo Chailly veröffentlicht, bei der Michael Schönheit den Cembalosolopart des 5. Brandenburgischen Konzertes übernahm.
Mit Thomaskantor Gotthold Schwarz verbindet ihn eine jahrelange Zusammenarbeit, besonders auf dem Gebiet des Liedgesanges. Auf der 2008 erschienenen CD mit dem Titel „An den Mond“ mit Werken von Zelter, Schubert und Schumann wird Gotthold Schwarz von Michael Schönheit auf einem Graf-Flügel aus der Sammlung des WDR begleitet.
Im Jahr 2013 veröffentlichte der Altenburger Verlag Kamprad die Einspielung des Orchester- und Kantatenwerkes von Johann Ludwig Krebs unter der Leitung von Michael Schönheit, zusammen mit namhaften Solisten, dem Collegium Vocale Leipzig und der Merseburger Hofmusik.
