Zwischen dem privaten Konzertunternehmen »Leipziger Concert« und dem städtischen Knabenchor der Thomasschule bestand von Beginn an eine enge Verbindung. Theater- und Gewandhausorchestermusiker haben immer wieder bei den musikalischen Darbietungen in den beiden Stadtkirchen St. Nikolai und St. Thomas ausgeholfen, obwohl die Kirchenmusik immer Hoheitsgebiet der priviligierten »Stadtpfeiffer« war, die als einzige offiziell berechtigt waren, Kirchenmusik zu spielen.
1789 wurden erstmals sieben Aushilfsstellen im Kirchenorchester fest eingerichtet und mit Gewandhausmusikern besetzt. Dies ist der erste Schritt, dass das Gewandhausorchester Schritt für Schritt die Aufgaben der Stadtpfeifer übernimmt. Kurz nach Mendelssohns Amtsantritt erfolgte eine tiefgreifende und nachhaltig wirkende Veränderung im administrativen Gefüge des Theater- und Gewandhausorchesters: Die Kernbesetzung – das waren 27 pensionsberechtigte Musiker – wurde im September 1840 zum Stadtorchester ernannt – was aber im ersten Schritt lediglich die Kirchenmusik betrifft und diesen Musikern »die Ausführung der Kirchenmusik bei dem Früh- und resp. Nachmittagsgottesdienst an Sonn- und Festtagen in den beiden Hauptkirchen der Thomas- und Nicolaikirche« übertragen. Was seit Mitte des zwanzigsten Jahrhunderts zunächst nur der Evakuierung während des zweiten Weltkriegs geschuldet war – die Thomaner waren in Grimma untergebracht und kamen nur noch sonnabends für die Motette in der Thomaskirche nach Leipzig –, wurde nach dem Zweiten Weltkrieg beibehalten und zu einer neuen Tradition: Bis zum heutigen Tag führen Gewandhausorchester und Thomanerchor in der Motette am Sonnabendnachmittag eine Bach-Kantate auf.