Das Instrument, das auch im Mendelssohn-Saal gespielt werden kann, besteht aus einer Haupt- und einer Truhenorgel, die sowohl einzeln als auch miteinander verbunden gespielt werden können. Beide Teile der Orgel zusammen haben zusammen 13 Register und 654 Pfeifen.
Erste architektonische Entwürfe für die große Saalorgel entstanden bereits 1975, als der Chefarchitekt Prof. Rudolf Skoda die Orgel in seinen Entwürfen des Saales berücksichtigte. Ab Mitte 1976 beteiligte sich an diesen Planungen die VEB Potsdamer Schuke-Orgelbau, die 1977 bereits offiziell den Auftrag erhielten, da das Instrument zur Eröffnung des Hauses spielfertig im Großen Saal bereit stehen sollte. Der Prospekt wurde von Schuke-Mitarbeiter Friedrich Wilhelm Stendel gestaltet, Rudolf Nehm war für Klangkonzept, Dispositionen und Mensuren verantwortlich und Jürgen Freymann für die Konstruktion des Instruments. Der Auftrag zur Fertigung des Gehäuses ging an die Möbeltischler des VEB Deutsche Werkstätten Hellerau, die dafür sibirisches Eichenholz verarbeiteten. Ab Oktober 1980, also noch während der Bauphase des Konzerthauses begann der Einbau aller Einzelteile des Instruments (Pfeifen, Gehäuse, Windladen, Trakturen, etc.) vor Ort im Gewandhaus. Bis das gut 15 m breite und etwa 11 m hohe Instrument mit seinen anfangs 6638 Pfeifen für 87 Register fertig dastand, vergingen gut 7 Monate. Auch die die Intonateure Heinrich Wallbrecht und Tilo Catenhusen mussten, als sie im April 1981 ihre Arbeiten begannen, die Intonation des Instruments durchführen, als ringsherum Gewerke die Fertigstellung des Hausbaus vorantrieben. Die erfolgreiche Abnahme der Orgel wurde in einem Gutachten vom 17. September 1981 bestätigt, drei Wochen für der Eröffnung des Gewandhauses. 1987 wurde die Orgel durch einen fahrbaren Spieltisch ergänzt. Damit können die Organisten das Instrument vom Podium aus spielen.
Die »Kleine Saalorgel« wurde mit Hilfe des Freundeskreises des Gewandhauses und zahlreichen "Orgelpfeifen-Paten" finanziert.
